王媛媛 , 杨美青 ^*

包头医学院药学院, 包头, 014040
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 5 篇   
收稿日期: 2020年06月11日    接受日期: 2020年06月23日    发表日期: 2021年03月21日

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为分析蒙古韭叶绿体基因组密码子的使用模式，本研究通过高通量测序获得了蒙古韭叶绿体基因组序列，从中筛选出 52 条蛋白编码序列(coding sequence, CDS)，利用 CodonW 1.4.2 和在线软件 CUSP 进行密码子使用模式及偏好性成因分析。结果显示，蒙古韭叶绿体基因组的有效密码子数(effective number of codons, ENC)范围为 36.94~52.61，表明密码子偏好性较弱；第 3 位的 GC 平均含量(GC3)为 27.63%，表明密码子第 3 位偏好于 A 和 U 结尾，与该植物叶绿体基因组同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)的研究结果相一致；相关性分析显示 ENC 与 GC3 呈极显著正相关，表明第 3 位的 GC 含量对密码子偏好性影响较大；此外，7 个密码子(UUG, GGA, CCA, UAU, AAU, CGA 和 UCA)被确定为蒙古韭叶绿体基因组的最优密码子。中性绘图分析、ENC-plot 分析和 PR2-plot 分析表明蒙古韭叶绿体基因组密码子偏好性受到突变压力和选择压力的综合作用，其中选择压力的影响更大。
 

蒙古韭(Allium mongolicum)；叶绿体基因组；密码子； 密码子使用偏好性